Keberadaan Masjid di SMAN 3 Jember cukup representatif dalam menunjang peribadatan warga sekolah utamanya untuk kegiatan sholat Dhuhur berjamaah ataupun Sholat Jumat. Selain untuk peribadatan masjid SMAN 3 Jember tak jarang juga digunakan untuk kegiatan pembelajaran Pendidikan Agama Islam bai untuk untuk pembelajaran harian dengan praktik atau ujian praktik untuk siswa kelas XII
Selama pandemi dengan adanya kondisi pembelajaran daring maupun tatap muka terbatas membuat penggunaan Masjid berkurang. Ditambah dengan perlunya perluasan daya tampung, maka sejak tahun 2021 sekolah melakukan pemugaran total masjid agar menjadi lebih representatif lagi dalam menunjang peribadatan siswa
Gambar renovasi masjid SMAN 3 Jember
